A área do parque foi demarcada onde tradicionalmente era território Pataxó, que desde 1861 ocupava a região. Surgiu um impasse entre as lideranças indígenas e a Fundação Nacional do Índio (FUNAI) e os interesses conservacionistas. As atividades ilegais nas Unidades de Conservação (UC) são difíceis de monitorar, assim como a aplicação dos instrumentos legais é baixa na região. O valor de mercado de recursos da unidade é alto. A extração de madeira tende a aumentar ligeiramente de forma generalizada na UC e provocam um alto impacto a longo prazo nos próximos 20 anos. A Veracel (produtora de celulose) monopolizou o plantio de eucalipto, represou rios, contaminou a água, secou a terra e ameaça os índios.
As instituições que ajudam a comunidade Pataxó são a Secretaria do Meio Ambiente, a Superintendência de Assuntos Indígenas (prefeitura de Porto Seguro), a FUNAI, a FUNASA e a SESAI, assim como uma ONG pastoral da criança - uma organização cristã que pretende ajudar as crianças de Barra Velha. A SESAI é o órgão da FUNAI responsável pela saúde. A CTL é a FUNAI dentro da aldeia em Barra Velha, que é responsável pelos registros, benefícios sociais e documentos. A FUNAI é um órgão do governo para proteger o índio, mas, de acordo com eles, que hoje apenas fiscaliza. Os Pataxó sentem a necessidade de um representante no Governo que respeite e assuma a causa dos índios. “Funcionários da FUNAI dizem não existir recursos, mas se não tivessem a FUNAI já teria acabado. Antes eles assumiam os poderes executivos e legislativos e hoje apenas fiscalizam. ” (Ana e Sebastião) Há 10 anos a FUNAI perdeu os seus poderes e os índios perderam a tutela da FUNAI, porque hoje já votam, têm carteira de motorista, estudam em faculdade etc. A FUNAI antes tutelava, até mesmo trazendo pão em barco e a cavalo. Criaram limitações para os índios, como por exemplo no mar, onde há a necessidade de carteira de barco e há metragem de distância definida.
Todos os índios têm direito ao livro da Legislação Indigenista e o recebem gratuitamente da FUNAI. Muitos têm consciência dos seus direitos e entendem as diferenças jurídicas entre os brancos e eles.
A PEC 215 é uma lei criada pelos ruralistas no Congresso para desmatar e produzir em reserva indígena. Se ela for reativada criará polêmica e se for aceita todas as reservas indígenas do país perderão 8% do seu território demarcado. A última votação ocorreu durante os jogos olímpicos indígenas como estratégia para distrair os índios. Mas havia índios em Brasília e houve protesto, prorrogando mais uma vez a decisão.