O processo de reconhecimento e de titulação coletiva de Macapazinho teve início logo após a regulamentação dos procedimentos para titulação de terras quilombolas no estado do Pará, pelo Instituto de Terras do Pará, em 1999 (Decreto estadual n. 3572/99 e Instrução Normativa n. 2/99).
Segundo Nersi de Aguiar dos Santos, atual presidente da Associação dos Remanescentes de Quilombo de Macapazinho, em 1999, lideranças da comunidade procuraram o Centro de Defesa do Negro no Pará (Cedenpa) para demandar assessoria jurídica na regularização fundiária de suas terras. Elas também fizeram visitas a outras comunidades quilombolas da região –Abacatal, Bacabal, Bailique, Igarapé Preto, Itancoã e Umarizal– em busca de informações e apoio mútuo na luta pela terra. Foram nessas visitas que foram alertadas sobre a necessidade de se formar uma associação quilombola de Macapazinho, condição necessária para receberem o título coletivo da terra.
Em 2000, participaram de um encontro de comunidades negras rurais promovido pelo Cedenpa, no qual Macapazinho foi uma das comunidades escolhidas para um acompanhamento por parte desta ONG e do extinto Programa Raízes, criado em 2000 pelo governo estadual para articular as demandas dos indígenas e quilombolas. No mesmo ano, o Cedenpa produziu um estudo sobre a comunidade que embasou as ações do Instituto de Terras do Pará, visando a regulamentação fundiária dessa área.