Entre 2003 y 2015 se forjó una lucha judicial fuerte y violenta tras la creación de un Comité Promejoras que intentó intervenir en el territorio. Constituido jurídicamente en el año 2001, el Comité Promejoras constó de un proceso de más de 5 años. Teniendo en cuenta que casi todos los comuneros viven fuera del territorio comunal de la Tola Chica, los comuneros y no comuneros son reconocidos en la organización comunal. La Comuna trabaja tanto para sí como para el barrio en la construcción de escuelas, acceso al agua potable, a la luz, ensanchamiento de caminos públicos.
El Comité Promejoras se conformó por un grupo eclesial de base como parte de los postulados de la Teología de la Liberación. Sus integrantes eran familiares de comuneros de la Comuna Tola Chica y formaban parte del grupo religioso junto al cura Antonio Guamán.
Los primeros síntomas del conflicto religioso y social se dieron con la ampliación de la iglesia sin el permiso de la comuna, su propietaria. Tras largas discusiones entre los comuneros y el Comité Promejoras, este último decidió realizar la obra en la iglesia, acentuándose la lucha por el territorio con tintes religiosos y racistas. Como el Comité Promejoras forma parte de la organización comunal, sienten que les pertenece el terreno, la iglesia y el aula comunal.
En 2003, se tomaron por la fuerza la casa comunal y aseguraban que el vivero les pertenecía, como parte del territorio. Como acto de venganza, quemaron los lugares donde estaban los registros de los datos de la comuna e incendiaron la casa comunal. Tal conflicto se alargó por 10 años de juicios hasta que en 2014 se estableció una indemnización por daños y perjuicios a favor de los comuneros. En la actualidad, el conflicto social continúa entre el barrio Tola Chica y la Comuna Tola Chica a pesar de que el problema jurídico esté solucionado con la recuperación de las tierras.