San Juan de Kelequelera se encuentra en la región tropical del departamento de La Paz, en la provincia Murillo, en el distrito de Zongo. Limita al este con las comunidades de Buenos Aires (municipio de La Paz) y Tajlihui (municipio de Caranavi); al oeste con la comunidad de Villa Florida del municipio de La Paz y al norte con el río Coroico, situado a una hora de Caranavi, por la actual ruta a Guanay, en las orillas del río Coroico.
Actualmente para poder ingresar a la región se debe tomar la carretera La Paz-Caranavi, y posteriormente Caranavi-Guanay.
Existe la proyección de un camino directo Huaji-Zongo-Choro, Zongo-Choro-Kelequelera, que está planificando la Gobernación del Departamento de La Paz.